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La Provincia estuvo habitada, en época precolombina, por tres pueblos principales: los apatamas o atacamas al oeste, los omaguacas y los chibchas.
LOS OMAGUACAS
Habitaban la Quebrada de Humahuaca y sus pequeños valles vecinos, extendiéndose hasta el sur de Bolivia.
Se subdividían en diversas tribus, las más importantes de las cuales eran los purmamarcas, ocloyas, paypayas, osas, piscaras, jujuys, etc.
Son la manifestación sureña de un área cultural boliviana de tipo magalítico que se extendió por Potosí y la mayor parte de Oruro y el norte de Chile.
Su economía se basaba en una agricultura con uso o construcción de andenes e irrigación artificial. Los principales cultivos eran el maíz, papa, quinua, y cuimu, cuyas cosechas guardaban en silos subterráneos.
Se complementaba con la caza y la recolección de frutos silvestres, especialmente la algarroba y los higos de tuna. La llama doméstica tenía gran importancia tanto por su carne y lana como para animal de carga.
Las viviendas eran de piedra, generalmente en forma rectangular y con techo de paja, a una sola agua. Se encontraban a veces en forma aislada en los terrenos de cultivo, pero más generalmente en poblados, a veces formados por varios centenares de viviendas; en sitios altos y rodeados de murallas de pirca.
Su vestimenta era la clásica túnica o camiseta andina, tejida en lana de llama Como calzado usaban ojotas y, como adornos, collares de cuentas de malaquita y sodalita y anillos y brazaletes de oro, plata o cobre. Se deformaban la cabeza con el tipo llamado tabular oblicuo.
Las armas eran los arcos y las flechas con punta de piedra o hueso, boleadoras y mazas con cabeza circular de piedra.
Elaboraban una cestería bastante desarrollada, tejida en espiral o con fibras entrecruzadas. La cerámica era relativamente avanzada, con gran variedad de formas y decorada con motivos geométricos en negro y a veces con rebordes blancos sobre fondo rojizo. Conocían la metalurgia y el tejido.
Entre los instrumentos musicales, usaban las flautas de pan (sikus), cornetas y cascabeles.
No se sabe nada sobre su organización familiar, tenían un cacique general que residía en Humahuaca y que era de índole sagrada. El último de ellos fue Viltipoco.
Fueron belicosos; en sus sepulturas aparecen numerosos cráneos-trofeos.
Sus enterramientos se realizaban dentro de las habitaciones, en pozos no muy profundos, rodeados de armas y ofrendas. Los niños eran enterrados en urnas funerarias.
LOS CHIBCHAS
Su territorio abarcaba el departamento de Tarija y los del sudeste de Potosí, en el sur de Bolivia. En el actual territorio argentino ocupaban las sierras de Santa Catalina y de Santa Victoria, en la Provincia de Jujuy. En particular eran poblaciones chibchas yavi, calahoyo y moreta.
De ellos se sabe solamente que eran agricultores.
LOS ATACAMAS O APATAMAS
Habitaban la región puneña argentina entre Jujuy y Catamarca, extendiéndose hacia Chile y Bolivia.
Eran un pueblo de agricultores que cultivaban el maíz, la papa y la quinoa; guardaban sus cosechas en las concavidades de las barrancas, que luego tapiaban. Conjuntamente, se dedicaban a la cría de llamas, que utilizaban tanto por su lana y carne como para animales de transporte; su economía se complementaba con el tráfico, especialmente de sal.
Las viviendas eran de piedra, con base rectangular y techo a un agua, de paja y barro.
La vestimenta era la túnica corta andina (uncu) tejida a veces en finísima lana de llama o vicuña y en otras con fibras vegetales muy toscas. Se agregaban mantas o ponchos, adornos con motivos geométricos y fajas (chumpis). Como calzado llevaban ojotas de cuero o paja trenzada. Como adornos, collares de turquesa y sodalita, alfileres de hueso o metal, vinchas y diademas de plumas.
Se deformaban la cabeza en forma tabular erecta.
Las armas principales eran el arco y flechas con punta de piedra pedunculada; además, mazas con cabeza redonda de piedra.
La cerámica varía según las regiones y va desde una bastante pobre a otra sumamente fina y delgada, de color negro brillante, obtenido mediante el uso del grafito.
El labrado en madera también estaba muy desarrollado, al igual que la talla y pirograbado de calabazas, el tejido y la metalurgia del cobre, bronce, oro y y plata. El trabajo en piedra, en cambio, era más bien pobre.
No se conoce nada de su organización familiar, social y creencias religiosas.